Kembali kepada Sud America setelah masa pinjaman yang cukup lama, ia akhirnya beberapa kali dipercaya sebagai starter. Ia tampil sebanyak 12 kali dan mencetak 1 gol.
Deportivo Maldonado
Pada tahun 2000, dengan status bebas transfer ia berlabuh ke klub barunya, Deportivo Maldonado. Di sini ia tampil sebanyak 22 kali dan mencetak 1 gol.
PSM Makassar
Baca Juga:Cristian Gonzales Resmi Perkuat Skuad Rans Cilegon FC Raffi Ahmad
Pada tahun 2003, ia bergabung dengan PSM Makassar dengan status Free Transfer. Pada musim tersebut ia mencetak 27 gol dan PSM Makassar menjadi juara kedua Liga Indonesia. Tahun berikutnya ia dikenai skorsing oleh PSSI selama semusim dan didenda Rp 20 juta karena memukul salah seorang petugas Persita Tangerang saat bertanding.
Persik Kediri
Bebas dari skorsing, ia bergabung dengan Persik Kediri dan menjadi juara Liga Indonesia pada tahun 2006. Pada tahun 2007, ia membela Persik Kediri di ajang Asian Champions League dan berhasil menorehkan 3 gol. Namun gagal membawa Persik Kediri lolos putaran final.
Pada tahun 2008 ia dijatuhi skorsing dari Komdis setelah melakukan tindakan yang tidak sportif. Krisis finansial yang dialami Persik Kediri membuat manajemen Persik harus melakukan rasionalisasi gaji. Gonzales merupakan salah satu dari beberapa pemain Persik yang tidak setuju atas keputusan tersebut.
Persib Bandung
Baca Juga:Fantastis, Raffi Ahmad Blak-blakan Habiskan Rp500 Miliar Buat Bisnis Bola
Pemain pinjaman
Pada 30 Januari 2009, manajemen Persib Bandung mengumumkan bahwa mereka telah merekrut Cristian yang mendapat remisi dari Ketua Umum PSSI, Nurdin Halid.
